Tot einer Organisation ist nicht gleich Tod aller Mitglieder. Tot ist als Metapher zu verstehen, also das Ende der Orga. Direkt in der nächsten Zeile sagt er: "Bald werdet ihr vor Gericht sein". Er möchte also dass die IDF und ihre Taten ein Ende findet und sie vor Gericht gestellt werden.

In normalen Gesprächen oder Debatten halte ich solche Parolen für äußerst unkonstruktiv. Dies ist aber ein Rapper. Ich erwarte in einem Lied keine tiefgründige Analyse. Übermalte Metaphern sind da passend. Eine Institution anzugreifen ist nicht das selbe wie individuelle Soldaten oder Zivilisten oder derer Religion.
Diese Trennung ist sehr Wichtig. Die Punk Gruppe "Slime" veröffentlichte einst "Deutschland muss sterben". Das Verfassungsgericht sagte es sei inordnung: https://www.nd-aktuell.de/artikel/889063.urteil-deutschland-muss-sterben-erlaubt.html Ich denke auch kaum, dass Slime meinte, dass alle Deutschen sterben sollten.